San Marcos Sierras está ubicado en el límite de las Sierras Chicas y las Sierras Grandes, es pedanía del Depto Cruz del Eje, y está a 22 Km de esta ciudad por ruta pavimentada. Tres caminos lo conectan con la localidad de Capilla del Monte: por el camino serrano (el de mayor interés turístico) la distancia es de 22 Km por ruta de ripio y cornisas; por llanos, el trayecto es de 40 Km por la Ruta Nac. 38; intermedio a estas dos, otro acceso a Capilla pasa por la localidad de Charbonier, haciendo en este caso que la distancia que nos une sea de 24 Km, la mitad de ellos con pavimento.

Respecto del nivel del valle, los cerros se elevan entre 100 y 200 m en promedio. La cuenca hídrica a la que pertenece el Río San Marcos nace en la localidad de La Cumbre, forma el Río Dolores que atraviesa diversos pueblos (Dolores, San Esteban, Los Cocos, Capilla del Monte) y que se une con el Río Calabalumba, en cuya confluencia fue construido el Dique El Cajón en años recientes.